La flora que habita en la zona es más común del norte europeo que de la península ibérica. La vegetación acuática es equiparable a la de otras lagunas de montaña del norte de la península y la componen pequeñas plantas que van formando céspedes en el fondo y junto los que crecen otros que flotan en la superficie.

Según cuentan las leyendas, la laguna Negra no tiene fondo y se comunica con el mar mediante cuevas y corrientes subterráneas. También dicen que hay un ser que vive en su fondo y que devora todo lo que cae en ella. Pero es la leyenda de Antonio Machado, “La Tierra de Alvargonzález”, la más extendida, que hace hincapié en la ausencia de fondo, es la que escribió Machado en 1912. La realidad es que su profundidad máxima no supera los 8 metros.